在Type-Pokemon（简称TP）的世界里，流行着被称之为“口袋妖怪决斗”的竞技项目。口袋妖怪决斗为参与者在特制对战场地进行一对一的竞技赛事。

虽然一般来说TP世界的每一个人都可以随时组织与参与决斗，但并不是每一个人都有机会参与联盟举办的正式口袋妖怪决斗比赛，有资格参与口袋妖怪决斗的人被联盟赋予了“决斗家”这个头衔。

成为决斗家之后，不仅代表被创世神阿尔宙斯所眷顾，无数的财富更是会随之而来。因此为了成为顶级的“决斗大师”，每个人趋之若鹜、狂热不已，为此不断磨练着自身的决斗技术。但事物总有两面性，大部分决斗家们会为了美好的明天继续走下去，却也有些不怀好意的决斗家在阴暗的角落蠢蠢欲动。“正义与黑暗”、“联盟与社团”之间的斗争，也一直是TP世界的主旋律。

《口袋妖怪决斗》的故事，便从一个梦想成为顶尖决斗大师的少年开始……